电子显微镜（EM）的工作流程涵盖样本制备、设备调试、成像及数据分析四个核心环节，每个环节均需精细操作以确保图像质量。
样本制备是成像的基础。透射电镜（TEM）要求样本厚度低于100纳米，生物样本需通过戊二醛固定、梯度乙醇脱水及环氧树脂包埋，再经超薄切片机切成纳米级切片；金属样本则需机械研磨至微米级后，通过离子减薄或电解双喷法进一步减薄。扫描电镜（SEM）样本需保持表面形态，生物样本需经固定、脱水、临界点干燥及喷金处理，以增强导电性。
设备调试需在开机后预热30分钟，待仪器稳定后进行。首先调整电子枪使电子束聚焦于样本，通过光阑控制束流直径以平衡分辨率与亮度。随后，旋转物镜和目镜调焦环进行焦距调整，确保图像清晰；根据样本特性选择合适放大倍数，避免过高导致失真。最后，通过调节对比度和亮度优化图像质量，移动载物台使目标区域位于视野中心。
高清成像阶段，需根据样本类型选择成像模式。TEM通过电子穿透样本形成高分辨率图像，可观察细胞内部超微结构；SEM利用二次电子信号呈现样本表面形貌，适合分析材料表面特征。成像过程中，需实时监控图像质量，适时调整参数。
数据分析环节，利用专业软件对图像进行放大、旋转、测量及三维重建，提取结构参数与形态特征，为科研提供量化依据。
